La Fundación nace como desarrollo del trabajo colectivo de un grupo de estudiantes de Ciencias Sociales de la Universidad de los Andes, que desde 1999 venían reuniéndose periódicamente como grupo de estudio y discusión, tratando algunas de las múltiples problemáticas que se viven en Colombia; como la exclusión social, política y económica, y las complejas dinámicas de las violencias.

La Fundación diseña, ejecuta, participa y promueve proyectos, que de una manera participativa puedan ayudar a cumplir su objeto social.

Tanto para su funcionamiento como para el desarrollo de sus proyectos, la Fundación requiere de diferentes apoyos que van desde el Trabajo Voluntariado, hasta la prestación de Bienes y Servicios y el Apoyo Económico.

Las políticas de la Fundación Incertidumbre promueven la diversidad cultural, de género y étnica, y esto se ve reflejado en la composición tanto de sus miembros generales como de sus cuerpos directivos. Es por eso que la Fundación está compuesta por jóvenes con formación en distintos campos del conocimiento, mujeres, hombres y minorías étnicas.

Desde sus inicios la Fundación ha procurado generar alianzas estratégicas, que faciliten el desarrollo de sus proyectos, manteniendo los principios de responsabilidad social y voluntariado. De este modo, se han consolidado apoyos con la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de los Andes (desde 2001); el Centro de Estudios Socioculturales e Internacionales -CESO-, de la Universidad de los Andes (desde 2003); Brigard & Urrutia Abogados (desde 2004); y Alianza Social Uniandina, de la Asociación de Egresados de la Universidad de los Andes UNIANDINOS (desde 2004).